其实，日本人早就注意到了“北京人”化石。据《裴文中关于“北京人”化石标本被劫及失踪经过报告》介绍，早在1941年12月8日珍珠港事件爆发前，日本东京帝国大学教授长谷部言人及其助教高井冬二就来过北平，高井当时还提出要到新生代研究室工作两周的请求。珍珠港事件爆发那一天的清晨，日本人迅速占领了协和医院，并详细检查解剖系的铁柜，然后进行封存，并派兵守护。
几天后，日本占领协和医院的负责人田冈大尉找到裴文中，说保险柜中所存放的全是石膏模型，追问“北京人”化石的去处。因为化石标本的装运是悄悄进行的，裴文中并不知情，所以也就无从说起。
另据有关报道说，日本人发现化石标本不见了之后，一面在报上大肆宣扬“北京人”化石“被窃”，一面指派侦探锭者繁晴负责搜寻工作。大约两个月后，锭者传出在天津找到了“北京人”化石的说法。但是很快就否定了找到的东西与“北京人”化石有关，之后不久，搜索工作就停止了。