县域民营企业大多规模较小，以中小企业为主要组织形态，如果发展得当，这将是县域民营企业的竞争优势。然而目前我国县域民营企业的问题在于规模过小，没有形成规模经济效应。根据农业普查资料，2001年，平均每个乡镇企业的企业职工仅为6人，平均每个企业创造增加值13.9万元。乡镇企业的这种规模小、结构单一的现状一方面是历史原因造成的，20世纪80年代初在短缺经济和体制夹缝中成长起来的乡镇企业首先进入的是门槛较低的劳动密集型产业，不可避免地会出现因低层次过度竞争带来的小而散现象；另一方面，这也与县域工业的资源规模小、技术创新能力有限和产业的地方性、配套性有关。
以民营企业、中小企业为主要特征，必然造成县域工业集聚能力较弱。由于我国乡镇企业主要是由乡村集体和个人出资，在较短时期内迅速发展而来，受当时体制和所处发展阶段限制，从发展之初就缺乏合理规划，工业布局高度离散，空间集聚程度低。这使得县域工业既缺乏地区专业化生产的集约经济，也缺乏城市化的规模经济。
乡镇企业的低程度集聚，一方面，浪费了土地、扩散了污染；另一方面，没有现成的公共设施可供利用，道路、供电、供水等全由企业自己建设，加大了基本建设投资。据调查，2001年乡镇企业工业增加值占全国工业增加值的近一半，然而乡镇企业总数中集聚在县镇的只有不足2%，在建制镇的也仅有8%，其余90%都分布在村级行政单位以下。由于乡镇企业布局过于分散，导致使用土地规模增加了30%，能源利用率降低了40%，基础设施投资增加了20%～30%，行政管理费用增加了80%。