在西线得手的同时，东线以军也发动攻击。以军先以少量部队牵制驻戈兰高地的叙利亚军队，调集包括3个坦克旅在内的9个旅，集中于东线南翼与约旦军队会战。经过猛烈的坦克交战后，以军击溃了约旦装甲部队，夺占战略要地纳布卢斯城。下一日，以军出动伞兵旅，在敌后空降，配合作战，再次击败约军抵抗，夺取圣城耶路撒冷。到6月8日，耶路撒冷东区和约旦河西岸广大地区，皆被以军占领。
6月9日，在西奈半岛和耶路撒冷连连得手、相继打败埃及、约旦地面部队的以色列军队，不理睬联合国停火决议案，调重兵强攻戈兰高地，把最后一轮猛烈打击指向叙利亚军队。戈兰高地位于叙利亚西南边境，呈狭长状，南北长约60公里，东西宽约20公里，面积1万平方公里稍多，其高处达海拔1000公尺，且山势陡峻，居高临下，在地理上是以色列一大天然威胁，以军决心夺而占之。6月9日中午时分，以军6个旅在大批飞机掩护下，3个旅在北，两个旅在南，一个旅机动，向戈兰高地进兵。经过两天激战，以军摧毁叙利亚军队高山防线，赶走叙利亚守军，占领戈兰高地。其前锋冲过戈兰高地，控制了通往大马士革的各公路枢纽。6月11日，第三次中东战争在以军占领戈兰高地的祝捷号音中降下帷幕。