因此，从现实和心理出发，朱棣的这些功臣将士也希望朱棣可以迁都北京，这些功臣整日在朱棣左右影响着朱棣，即使从安抚角度来看，迁都北京也是一个明智之举。此外朱元璋当初在北方封了好几位手握重兵的藩王，这些藩王个个都实力不凡，虽然靖难之役中有几个藩王被斗垮了，但剩下的那几个是不是就能从此服了朱棣，这很难说，保不齐就有第二次靖难，而南京距离北方实在太远了，如果不能及时得知战事，那么情况就可能有变，因而为了有效控制这些藩王，避免再出现第二个朱棣，迁都北京是一个很好的选择。
除此之外，朱棣在“靖难之役”结束后，对支持建文帝的江南士大夫和江南地主集团进行了血腥的镇压和清洗，屠杀虽然起到了震慑作用，但是这一做法也失去了南方民众的拥戴，使得江南士大夫和江南地主集团对于朱棣抱有很大的敌意。朱元璋在位时对江南士大夫和江南地主集团一直是种种压制，比如对江南地区征收重税，严禁苏州或松江人氏被任命为户部尚书，借此防范这些出身于富庶地区的人士借机把持财政，偏私家乡。