从保密协议与竞业限制协议的关系看，与员工签了保密协议，并不能限制员工离职后到竞争企业中去工作；要限制员工离职后去自己的竞争企业中工作，就必须与员工签订竞业限制协议。在操作上，企业既可以在保密协议中约定竞业限制的内容，也可以签署单独的竞业限制协议。
但是，竞业限制协议并不能随意签署，必须符合一定的条件，否则就会被法院认定为无效，企业就无法获得相应的赔偿。一个总的原则是公平和合理，兼顾双方利益，既让企业的秘密得到保护，又不至于使劳动者丧失就业的机会。下面是竞业限制协议签署时需注意的一些事项：
一是用人单位向劳动者支付经济补偿金。法律允许用人单位与劳动者约定竞业限制，实质上是剥脱了劳动者利用之前积累的工作经验和工作技能获得更好工作岗位和条件的权利，将使劳动者不得不待业或在重新就职时丧失优势和很多机会，工资收入也会下降甚至是失业。因此，《劳动合同法》规定，约定竞业限制条款的，在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
各个地方规定的补偿标准并不相同，《浙江省技术秘密保护办法》规定年度补偿费按合同终止前最后一个年度劳动者员从权利人处所获得报酬总额的2/3计算；《江苏省劳动合同条例》规定年经济补偿额不得低于劳动者离开用人单位前12个月从该用人单位获得的报酬总额的1/3；《深圳经济特区企业技术秘密保护条例》规定补偿费按月计算不得少于该员工离开企业前最后12个月月平均工资的1/2；《宁波市企业技术秘密保护条例》规定年补偿费不得低于该员工离职前一年从该企业获得的年报酬总额的1/2。因此，企业在订立竞业限制补偿标准时可以结合本地区的规定，设置一个合理的标准。