亚马逊遍布世界各地的分公司均以位于美国的总公司为中心，按照各部门采取垂直管理。亚马逊总公司拥有最终决策权，日本零售网站Amazon.co.jp的系统变更几乎都由美国的工程师进行操作。
位于管理体制顶端的是CEO，其下设各个部门的决策者SVP（Senior Vice President，高级副总裁），还设有数十名VP（Vice President，副总裁），即各分公司的最高管理者，呈现出树状结构的组织特点。VP下设有主管、高级经理、经理三级职务，从组织结构来看，层级相对较少。
在运营和零售等部门中分别设有人力资源部门和财务部门，它们不受其他部门的影响，专注于管人的人力资源业务和管钱的财务业务。
我在亚马逊日本分公司任职时，公司设有两位总裁，一位是负责零售和服务业务的贾斯珀·张（Jasper Cheung），另一位是负责仓储、客服和供应链业务的杰夫·林田（Jeff Hayashida）。他们的身份很特殊，既是亚马逊日本分公司的总裁，又是亚马逊总公司的V P，都要向总公司的上司汇报工作。
“S-Team”是CEO的直辖团队，负责拟制OLP等规定。
云服务提供商AWS是一家独立的公司，并不属于亚马逊日本分公司。