朱熹深受二程学说的影响，很多人就借攻击二程来打击朱熹。陈贾对皇帝说，近来士大夫中有标榜所谓“道学”的，多数都是欺世盗名之徒，指的就是朱熹。朱熹一生廉洁，穷得经常问人借钱，但不符合道义的钱财一文不取。朱熹治学的方法是穷究事物之理来推广知识，然后又用在自己身上来检验实际内容。他常说圣贤的理论都分散在古代的典籍之中，而那些书里面的义理又不明白，所以圣人之道才没有人了解。他用一生的精力来研究经典，对经典进行注释，他写了很多注释经典和阐述自己学术思想的书，后来的几个朝代把他为《大学》《论语》《孟子》《中庸》所做的注解作为学校里的必修课程。
王淮罢相后，朱熹被召入朝奏事，有个朋友告诉他说他提倡的东西是皇帝不爱听的，让他不要在皇帝面前说这种话。朱熹说：“我平生所学就是‘正心诚意’四个字，怎么能欺骗君主呢？”见到皇帝后，皇帝说：“好长时间没有看到你了，现在我想请你担任清要的职务，不再用州县的小事来麻烦你了。”第二天就任命朱熹为兵部郎官。兵部侍郎林栗和朱熹讨论学术问题发生了分歧，他就弹劾朱熹说：“朱熹本来没有什么学问，只是剽窃张载和二程的学说，称为‘道学’。他还经常带着一批学生到处走动，模仿孔子和孟子，不肯担任官职，明显是和朝廷作对！”皇帝说：“林栗的话好像过头了。”太常博士叶适弹劾林栗，说他说的话没有一句是对的。侍御史胡晋臣也说他无事生非，把学者说成是朋党，林栗因此被贬为泉州知州。