前二八七年，魏忠贤之党，排去孙承宗，代以高弟。弟性恇怯，尽撤关外守备入关。袁崇焕誓以死守宁远，不去。明年，清太祖大举攻宁远。崇焕死守，太祖也猛攻。崇焕发西洋大炮，“一发决血渠数里。再进再却，围遂解”。《清实录》说：“太祖谓诸贝勒曰：予自二十五岁以来，战无不胜，攻无不克，何独宁远一城不能下邪？不怿者累日。”据朝鲜使者在城中所见，则说太祖这一役，实在身负重伤。见《清朝全史》第十二节。这一年七月里，太祖就死了。
太宗立，前二八五年，五月，大举攻锦州、宁远。又不克。这一次，明朝人称为“宁锦大捷”，战绩也一定很有可称的。不过现在，总不能尽知其真相罢了。这时候，锦州的总兵，是赵率教。
宁锦捷后，魏忠贤又使其党劾袁崇焕不救锦州为暮气。于是罢袁崇焕，代以王之臣。旋熹宗崩，毅宗立，再起袁崇焕。这时候，毛文龙据皮岛，颇为骄纵。崇焕自己往诛之，而抚定其兵。毅宗表面上虽不说什么，心上却有点怪他“专杀”。前二八三年，清兵从喜峰口入，陷遵化，逼京城。崇焕入援，和清兵战，胜负未分。清太宗纵反间计，毅宗先已有了疑心，就把袁崇焕下狱杀掉。清兵攻山海关，不克。破永平、如今直隶的卢龙县。迁安、滦州，留兵守之而还。明孙承宗踵而攻之，四城皆复。这时候，明朝对于辽西，兵力还厚。太宗乃以其间征服朝鲜。毛文龙的死，其部将孔有德、耿仲明、李九成等走登州。前二八一年，清人攻大凌河。登莱巡抚孙元派有德等前去救援。走到半路上，粮尽了。士卒造反，劫有德等回据登州。后为官军所围，九成死。有德和仲明，逃到旅顺，给总兵黄龙杀败。有德仲明降清。引清兵还攻旅顺。黄龙械尽自杀。广鹿岛今图作光禄岛。副将尚可喜降。前二七九年。前二七五年，清兵遂陷皮岛。于是明人在海上的势力也消灭，再不能牵制清人了。其在陆路上：则一面绕过山海关，从长城北口进兵，以蹂躏畿辅山东。前二七六，前二七四，前二七二、三年，都大举深入。一面攻击辽西。前二七一年，清太宗大举攻锦州。明蓟辽总督洪承畴，率兵十三万往援。战于松山，大败。明年，松山破，承畴被擒。锦州亦陷。于是关外重镇，只有一个宁远了。然而明朝死守着山海关，清朝到底还不敢深入。而明朝人又有“开门揖盗”之举，这四百余州的山河，就又要请女真人来管理三百年了。