张居正在世时，从没有人敢这样评论他。而如今张居正死了，冯保也倒了，一切事情都是万历皇帝做主。杨四知的上疏正合了万历皇帝的心意。万历皇帝虽然心里非常高兴，但是表面上还是做足了样子。在翻阅完杨四知的奏疏之后，他对群臣说道：“居正朕虚心委任，宠待甚隆，不思尽忠报国，乃怙宠行私，殊负恩眷。”从这些话来看，万历皇帝已经将张居正的贡献全部抛到脑后了。接着，他又说：“念系皇考付托侍朕冲龄，有十年辅理之功，今已殁，故贷不究。”意思是：念及他是父皇留给朕的顾命大臣，而且在十年的辅政过程中也一直尽心地辅佐，既然现在他已经去世了，就饶恕他吧。
虽然万历皇帝决定宽恕张居正，但是对于张居正曾经的心腹大臣，万历皇帝就没那么心软了。比如，张居正曾经的得意门生冯昕、庞清、游七等人都被打入大牢严刑拷打，并且万历皇帝还下旨称，这些人一个都不能放过。
真的像万历皇帝说的那样，念在张居正辅政十年的功劳上就宽恕他吗？其实，这只是万历皇帝的缓兵之计。万历皇帝非常清楚，张居正在世的时候，与朝廷中的很多大臣都有矛盾。现在张居正已经死了，如果想轻易地给他安个罪名是很容易的事。但是，让万历皇帝顾虑的是，张居正也有很多拥护者，而这些拥护者中大部分都是朝廷中需要的大才，不可能因为张居正而将这些人全部罢黜。因此，在万历皇帝看来，唯一的办法就是等时机成熟时，将张居正所留下的威望彻底消除。