但由于抗战初期国共两党的协议，国民党不允许中共在其统治区内建立和发展组织，因此，南方局的成立和存在都是非常秘密的，对外并不公开。
在重庆成立的南方局，在中共中央领导下，担负起维护国共合作、巩固和发展抗日民族统一战线的独特政治使命，恰如在陪都重庆的茫茫雾海之中，为大后方人民升起了一盏指示抗战前途的明灯。
1939年5月，日本侵略者飞机狂轰乱炸后，机房街70号八路军办事处被轰炸后，南方局和八路军办事处只得另找办公地址。
1939年5月3日，八路军办事处和中共中央南方局搬进了红岩农场。从此，红岩这个名字就紧紧地同中国革命的历史联系在一起了。
为了广泛开展统一战线工作，另在曾家岩50号设周恩来办公点，对外称"周公馆"。
在这里，周恩来为首的南方局，通过各种形式同民主党派成员广泛接触；同时非常重视做民族资本家和地方实力派刘文辉、潘文华、邓锡侯、龙云等人的工作。