明世宗气得七窍生烟，将奏章狠狠地摔在地上，大喊道：“赶快把这个家伙抓起来，别让他逃跑了！”
宦官黄锦说：“听说这个人不怕死，做官清廉。他自知触犯陛下，活不成了，已经安排好后事，准备好棺材，不会逃跑的。”
明世宗沉默半晌，将奏章拾起反复阅读，觉得海瑞的话多少有些道理，自言自语地连声叹息说：“这个人倒像比干，只是朕还没有商纣王那么坏吧！”这道奏章，他好几个月没有作批复。
后来，明世宗还是下旨将海瑞抓了起来。不过，过了两个月，明世宗就死了。他的儿子明穆宗即位，将海瑞放出监狱，恢复了官职。
1569年，海瑞出任江南巡抚。有钱有势的人家听说海瑞来了，都夹紧了尾巴，有的躲避到别的地方去，有的把自己朱红的大门漆黑，以减少人们的注意。海瑞强令那些拥有大量土地的豪强大户将强占的土地退出来，分给穷人，而且先拿当朝首辅徐阶家开刀。他还领导疏浚了吴淞江、白茆河。