大约在公元元年,印度教徒开始进入印尼,并在印尼传播印度文化。公元100年前后,印度的佛教徒又将大乘佛教和小乘佛教传入印尼。经过与印度教的长期斗争,佛教在印尼取得了统治地位。这一时期曾出现过许多信仰佛教的封建王国。其中著名的有末罗游王国、室利佛逝王国和麻喏巴歇王国,后两者最为强大。15世纪初,麻喏巴歇王朝内部因王位继承问题出现内讧,势力开始衰微,15世纪末被新兴的伊斯兰教王国马打蓝所灭。随着麻喏巴歇王朝的灭亡,佛教在印尼逐渐衰落,伊斯兰教逐渐兴盛起来。马打蓝王国是印尼的最后一个伊斯兰教封建王国,于1709年被荷兰人征服。
荷兰殖民者统治期间,印尼人民曾进行过无数次英勇不屈的反抗斗争。1920年之后,印尼共产党、印尼民族党先后成立,印尼的民族独立运动风起云涌。1942年,日本军队在印尼登陆,盟国军队不战而退,荷兰在印尼长达340 年的殖民统治终于结束。