“参谋总长”周至柔是孙立人在南京中山陵的拜把兄弟,两人私交本来不错,因周至柔涉嫌一起军火贪污案,孙立人觉得事出有因,不肯出面帮周至柔说话而使两人结怨。那时蒋介石每周要开军事汇报会,孙立人从不准时出席,因为他不愿意向“总长”周至柔敬礼。而迟到则能避免,因为此时“总统”已在场。
“为政不得罪于巨室”,这历来是当官者的护身符。孙立人却僧面、佛面都不看,甚至对蒋经国也毫无情面。在一次宴席上,蒋经国说黄笑话,众人大笑。但说着说着戛然而止,大家请他继续,蒋经国却说:“有人不高兴,不好意思讲了呀。”原来只有孙立人一人正襟危坐,表情严肃,一脸的不快。而后,孙夫人说丈夫太不给蒋经国面子,让人下不了台。孙立人却说:“我们在座的都是‘国家’领导阶层,应该为民表率,怎么能和市井粗人一样,何况还有女眷在!”
对于蒋经国通过在军中建立“政工制度”和特务组织,干涉、控制军事,孙立人尤为不满。而孙立人主张的“军队国家化”的建军理想也为蒋经国所不容。当时蒋经国任“国防部总政治部主任”,权力却超越“三军统帅”,对此孙立人竟公开予以反对。